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Apollonie (Marsa Sousa), au Nord de Cyrène, a été fondée comme le port de Cyrène. Par la suite, elle est devenue une ville importante, qui a succédé à Cyrène et Ptolémaïs comme capitale de la Cyrénaïque.

Apollonie était probablement le lieu de débarquement des premiers colons grecs en Libye, au 7° Siècle avant notre ère. Ce site offre un bon mouillage pour les bateaux, abrité par deux criques.

A ses débuts, le port d’Apollonie n’était pas une cité, mais seulement une dépendance de Cyrène, composée du port et d’une série d’habitats échelonnés le long de la côte, sans défenses militaires efficaces, étant donné que les ennemis de Cyrène venaient du continent et non de la mer. Même le nom d’Apollonie n’est mentionné que tardivement, au 1° Siècle, par le géographe romain Strabon. Cela semble indiquer que le port de Cyrène n’a longtemps pas eu de nom propre.
Les plus anciens vestiges archéologiques découverts à Apollonie datent du 6° Siècle : un vase et deux céramiques originaires de Corinthe et de Rhodes.

En 332, Alexandre le Grand s’empare de l’Egypte, où il fonde sa nouvelle capitale : Alexandrie. Les Grecs de Cyrénaïque, heureux de voir un roi grec qui aspire à réunir tous les Grecs, se soumettent à lui. Après la mort d’Alexandre le Grand, Thibron, un mercenaire originaire de Sparte, cherche à conquérir la Cyrénaïque. Il commence par s’emparer d’Apollonie (les sources mentionnent seulement le port de Cyrène, sans le nommer), profitant de l’absence de structures défensives. Après sa défaite, Thibron est crucifié à Apollonie.

La Cyrénaïque fait ensuite partie de l’Empire des Ptolémée. Pour défendre Apollonie, les Ptolémée construisent une muraille de protection tout autour du port. Une tête scupltée de Ptolémée III Evergète a été découverte à Apollonie.
Les restes de céramiques et de poteries découvertes à Apollonie nous informent sur les échanges économiques entre le port de Cyrène et le reste du monde méditerranéen aux 3° et 2° Siècles : près de la moitié des fragments proviennent des cités grecques de la Mer Égée, avec notamment des amphores de l’île de Rhodes ; un quart ont été fabriqués en Cyrénaïque ; un sixième est originaire de Magna Graecia (Sicile et Italie du Sud), essentiellement du vin italien importé. En revanche, alors que la Cyrénaïque est sous souveraineté égyptienne, très peu de vestiges sont originaires de Naucratis, l’ancienne colonie grecque en Égypte.

Apollonie est devenue une cité autonome vers la fin de la période hellénistique. D’après l’archéologue français André Laronde, qui se base sur un passage de l’auteur gréco-romain Plutarque, la ville a pris sont indépendance de Cyrène suite à une intervention romaine, vers 85, pendant la guerre civile entre Sylla et Marius.

La Cyrénaïque est intégrée à l’Empire romain en 74. Apollonie, comme les autres villes grecques de Cyrénaïque, connaît une période de prospérité au début de l’ère romaine, marquée par le développement de monuments publics. La ville a consacré une statue de l’Empereur romain Hadrien, à Athènes, et une autre de l’Empereur Marc-Aurèle, à Eleusis.

A l’époque romaine, Barca et Balagrae perdent de l’importance, en même temps qu’Apollonie et Ptolémaïs se développent. La Pentapole est à présent composée de Cyrène, Bérénice (Benghazi), Taucheira (Tocra), Ptolémaïs (Tolmeita) et Apollonie.

La Cyrénaïque est la première région d’Afrique du Nord où le christianisme s’est propagé et contient aujourd’hui certaines des ruines d’églises chrétiennes antiques les mieux conservées d’Afrique du Nord. Apollonie est devenue un important centre chrétien. Le premier évêque connu d’Apollonie est Euphranor, à qui l’évêque d’Alexandrie a écrit une lettre vers 260. L’église principale de Cyrène était située à Apollonie.

Au cours du 4° Siècle, Apollonie est brièvement devenue la capitale de la Cyrénaïque romaine. Après le tremblement de terre de 365, qui a dévasté Cyrène et Apollonie, Ptolémaïs, relativement épargnée, redevient la capitale provinciale.
En 411, Ptolémaïs est dévastée par une attaque de tribus amazighes. Peu après, Apollonie lui succède définitivement comme capitale provinciale. Au même moment, la ville reçoit un nouveau nom : son ancien nom grec, qui fait référence au dieu païen Apollon, inacceptable dans un Empire devenu chrétien, est remplacé par Sôzousa, la « ville du Sauveur ».

La future Impératrice byzantine Théodora a séjourné à Sôzousa dans sa jeunesse, alors qu’elle était la compagne de Hécébolos, le gouverneur byzantin de Cyrénaïque. C’est son premier séjour en Afrique du Nord, une région à laquelle elle restera profondément attachée. En 539, Théodora ordonne la reconstruction d’Olbia (Qasr Libya), une ancienne ville de Cyrénaïque qui avait été détruite par les Vandales. La nouvelle ville est nommée Théodorias, en l’honneur de sa fondatrice. Une église de la ville contient une cinquantaine de mosaïques, considérées comme parmi les plus belles du monde.

